El Laboratorio Fitosanitario sede Quetzaltenango presta sus servicios de Diagnóstico al sector agrícola, forestal y vigilancia Epidemiológica del área sur-occidental del país. Con el propósito de fortalecer la producción agrícola tanto de autoconsumo como de exportación.  Que es un factor clave para que el país compita con mayores posibilidades de éxito en el proceso de globalización y tratados internacionales de comercio.

Por su ubicación realiza los diagnósticos de plagas y enfermedades en los cultivos de la región de tipo cuarentenario, endémico y exótico por medio del diagnóstico e identificación en el laboratorio.

• Apoya al Sistema Nacional de Vigilancia Epidemiológica Fitosanitaria, coordinaciones departamentales del MAGA, DEFRUTA, Universidades, EFA´S, personas individuales y grupos organizados  dedicados a la producción agrícola de esta región.
• Asistencia técnica en: Toma, Manejo, Preservación  y envió de muestras  para el  Laboratorio.
• Capacitaciones relacionadas con el tema fitosanitario.
• Asesoría en proyectos de investigación con temas relacionados con el diagnostico fitosanitario.
• Monitoreo de plagas de importancia cuarentenaria.